Covid-19: Επιδημιολογική έρευνα μέσω εντοπισμού του κορωνοϊού σε λύματα

από **COVID-19** 25/4/2020, 10:42 am

Covid-19: Επιδημιολογική έρευνα μέσω εντοπισμού του κορωνοϊού σε λύματα Kapito10

Σε μια νέα μελέτη, οι ερευνητές του Arizona State University Rolf Halden και Olga Hart αναλύουν τι μπορεί και τι δεν μπορεί να μετρηθεί κατά την παρακολούθηση του SARS-CoV-2 σε λύματα και υπογραμμίζουν τα οικονομικά πλεονεκτήματα της νέας προσέγγισης έναντι των συμβατικών δοκιμών και της επιδημιολογικής παρακολούθησης.

Η επιδημιολογία με βάση τα λύματα θα μπορούσε να είναι ένα ανεκτίμητο εργαλείο για τη συλλογή δεδομένων υγείας σε φτωχές περιοχές που ενδέχεται να φέρουν το βάρος της πανδημίας.

Επί του παρόντος, οι ΗΠΑ διαθέτουν το μεγαλύτερο εθνικό και διεθνές δίκτυο WBE και αποθετήριο δειγμάτων, γνωστό ως Παρατηρητήριο Ανθρώπινης Υγείας (HHO), στο Arizona State University.

Η τεχνική του Halden διαθέτει υψηλή ευαισθησία, με δυνατότητα ανίχνευσης της υπογραφής ενός μολυσμένου ατόμου μεταξύ 2 εκατομμυρίων ατόμων σε ορισμένες περιπτώσεις. Για να επιτευχθεί αυτό, τα δείγματα λυμάτων υποβάλλονται σε διαλογή για την παρουσία θραυσμάτων νουκλεϊκών οξέων του ιού SARS-CoV-2. Τα γονιδιώματα RNA ενισχύονται μέσω μιας διαδικασίας γνωστής ως ανάστροφη-μεταγραφάση ποσοτικής PCR (RT qPCR).

Η στρατηγική περιλαμβάνει την πρώτη μεταγραφή RNA κορωνοϊού σε συμπληρωματικό DNA (cDNA) από το ένζυμο ανάστροφης μεταγραφάσης, και στη συνέχεια ενίσχυση του προκύπτοντος DNA για βελτίωση της ανίχνευσης σήματος.

Οι εκτιμήσεις που βασίζονται σε δεδομένα της Ευρώπης και της Βόρειας Αμερικής υποδηλώνουν ότι κάθε άτομο που έχει μολυνθεί με SARS-CoV-2 θα εκκρίνει εκατομμύρια -αν όχι δισεκατομμύρια- ιικά γονιδιώματα σε λύματα την ημέρα. Αυτό μεταφράζεται σε 0,15 έως 141,5 εκατομμύρια ιικά γονιδιώματα ανά λίτρο παραγόμενου λυμάτων.

Με τη βοήθεια της μεθόδου RT qPCR, οι ερευνητές θα πρέπει να είναι σε θέση να ανιχνεύσουν τον νέο κορωνοϊό με υψηλή ευαισθησία, απαιτώντας την παρακολούθηση περίπου 1 στα 114 άτομα στο χειρότερο σενάριο, και μόνο 1 θετική περίπτωση μεταξύ 2 εκατομμυρίων μη μολυσμένων ατόμων υπό βέλτιστες συνθήκες. Περίπου το 70% του πληθυσμού θα μπορούσε να ελεγχθεί για τον ιό SARS-CoV-2 μέσω της παρακολούθησης 15.014 μονάδων επεξεργασίας λυμάτων της χώρας με εκτιμώμενο κόστος για τα χημικά αντιδραστήρια τα 225.000 δολάρια.

Πηγή: Neadiatrofis